Shy ha crecido un poco después de luchar contra el 'Amalareik', liderado por el misterioso niño Stigma. Cuando regresa a Japón, conoce a una chica llamada Ai Tennouji que ha huido de su aldea ninja. Ai le dice a Shy que dejó la aldea para perseguir a un miembro del 'Amalareik'. Mientras tanto, ocurre un incidente en el que Tokio de repente se ve envuelto en una bola negra y desaparece. Los héroes son enviados a rescatar a Tokio.
