La historia gira en torno a Yui Kusanagi a la que Zeus convierte en Diosa y directora del colegio que el mismo Zeus crea para enseñar a los jóvenes y guapos dioses el significado el amor. El motivo por el que Zeus convierte a Yui en una Diosa es para eliminar los efectos negativos que se han producido al debilitarse el vínculo entre el mundo humano y el mundo de los dioses.