La historia sigue inmediatamente después de los eventos de Grisaia no Meikyuu, con KazamiYuuji detenido por ser sospechoso de involucramiento con una organización terroristainternacional, que ha conseguido entrar a las fronteras de Japón con una devastadora armade destrucción masiva. Mientras tanto, en la Academia Mihama, a las estudiantes se lesagota el tiempo ya que debido a problemas económicos la escuela cerrará dentro de un mes.Las chicas habían encontrado por fin su camino gracias a la ayuda de Yuuji, así que ¿sequedarán de brazos cruzados y esperar que el mundo cambie a su alrededor? ¿Y dejarán iral hombre que cambió sus vidas sin intentar salvarlo? A medida que su fin en la AcademiaMihama se acerca, Amane, Makina, Sachi, Yumiko, y Michiru llegan a una sola conclusión.